Sejarah terbentuknya perpustakaan IAIN Kendari tidak dapat dipisahkan dengan Institusi Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar, namun lembaga ini resmi berdiri pada tanggal 16 Juni 1997 berdasarkan Kepres No. 11/1997 tanggal 21 Maret 1997 dan Kep. Menag No. 293 tahun 1997, menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAIN) Sultan Qaimuddin Kendari. Pada tahun 2014 terbit Peraturan Presiden RI Nomor. 145 Tahun 2014 tentang Perubahan STAIN Kendari Menjadi IAIN Kendari. Bersamaan dengan itu pula keberadaan perpustakaan juga beralih nama secara resmi dari perpustakaan STAIN Sultan Qaimuddin Kendari menjadi UPT Perpustakaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kendari .
Perpustakaan IAIN Kendari adalah salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang bersama dengan unit-unit lainnya turut melaksanakan Program Tri Dharma Perguruan Tinggi, yaitu ;
(1)Pendidikan dan pengajaran, (2)Penelitian, dan (3) Pengabdian Kepada Masyarakat. Hal ini sejalan dengan fungsi perpustakaan sebagai sumber layanan informasi akademik.
Perpustakaan merupakan sumber informasi ilmiah yang di dalamnya terdapat sejumlah buku, referensi, kitab standar, ensiklopedi, jurnal, hasil penelitian, skripsi, tesis dan disertasi. Perpustakaan IAIN Kendari tidak hanya mengoleksi sumber tertulis yang manual seperti di atas, tetapi juga memiliki sumber tertulis digital yang dapat diakses oleh mahasiswa setiap saat. Penerapan system Open Public Catalog (OPAC) sejak tahun 2007, memberikan kemudahan kepada sivitas akademika untuk mengunduh buku beserta informasi yang ada di dalam perpustakaan IAIN Kendari.
Perpustakaan IAIN Kendari adalah salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang bersama dengan unit-unit lainnya turut melaksanakan Program Tri Dharma Perguruan Tinggi, yaitu ;
(1)Pendidikan dan pengajaran, (2)Penelitian, dan (3) Pengabdian Kepada Masyarakat. Hal ini sejalan dengan fungsi perpustakaan sebagai sumber layanan informasi akademik.
Perpustakaan merupakan sumber informasi ilmiah yang di dalamnya terdapat sejumlah buku, referensi, kitab standar, ensiklopedi, jurnal, hasil penelitian, skripsi, tesis dan disertasi. Perpustakaan IAIN Kendari tidak hanya mengoleksi sumber tertulis yang manual seperti di atas, tetapi juga memiliki sumber tertulis digital yang dapat diakses oleh mahasiswa setiap saat. Penerapan system Open Public Catalog (OPAC) sejak tahun 2007, memberikan kemudahan kepada sivitas akademika untuk mengunduh buku beserta informasi yang ada di dalam perpustakaan IAIN Kendari.
Kepala-Kepala Perpustakaan dari masa ke masa :
- Fauriyah : Tahun 1997-1978
- Mustafa P, M.Ag : Tahun 1999-
- Hj. Syamsidar, M.Hum : Tahun 1999-2005
- Syamsul Bahri : Tahun 2006 – 2010
- Raehang, S.Ag, M.Pd.I :Tahun 2010 – 2019
- Tilman, S.Sos,.MM.: 2019 sampai sekarang